周岳課題組在The Plant Cell發(fā)文揭示染色質(zhì)重塑復合體調(diào)控染色體高級結構的分子機理
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染色質(zhì)重塑復合體通過直接調(diào)控核小體的分布和密度進而影響轉錄因子對于目標基因的結合，在動植物生長發(fā)育中發(fā)揮著重要作用。擬南芥的染色質(zhì)也存在著和動物類似的高級結構，比如染色質(zhì)區(qū)域以及A/B區(qū)室。然而，植物染色質(zhì)重塑復合體是否以及如何調(diào)控染色體的三維高級結構卻幾乎未知。2022年4月22日，蛋白質(zhì)與植物基因研究國家重點實驗室、北京大學現(xiàn)代農(nóng)學院、北京大學-清華大學生命科學聯(lián)合中心周岳課題組在The Plant Cell上在線發(fā)表了題為“Chromatin remodeling complexes regulate genome architecture in Arabidopsis”的研究論文，揭示了染色體重塑復合體通過調(diào)控核小體的分布和密度來維持H3K27me3水平進而阻止染色體區(qū)室翻轉的分子機制。?
周岳課題組收集了擬南芥4類保守的染色體重塑復合體ATPase催化亞基的突變體，通過遺傳學和多組學方法分析了這4類核心亞基突變體的染色體3D結構。研究結果顯示4類不同的染色質(zhì)重塑復合體的突變體都展現(xiàn)了染色質(zhì)區(qū)室翻轉的現(xiàn)象，同時區(qū)室強度也顯著降低。染色質(zhì)區(qū)室的轉變主要發(fā)生在B區(qū)室向A區(qū)室翻轉，突變后的4類染色質(zhì)重塑復合體在染色體臂都形成了連續(xù)的A區(qū)室。進一步的分析發(fā)現(xiàn)翻轉的B區(qū)室富集H3K27me3修飾，且H3K27me3水平在4類不同的染色質(zhì)重塑因子突變體內(nèi)的區(qū)室翻轉區(qū)域有顯著降低。通過對比H3K27me3完全消除的突變體，發(fā)現(xiàn)高水平的H3K27me3修飾可以阻止區(qū)室發(fā)生翻轉。為了回答染色質(zhì)重組復合體如何維持H3K27me3水平，通過MNase-seq檢測了核小體的密度和分布。研究數(shù)據(jù)表明4類不同的染色質(zhì)重塑復合體通過維持核小體密度和調(diào)控核小體分布，影響H3K27me3水平，進而阻止染色體區(qū)室翻轉（圖一）。
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圖一 染色體重塑復合體調(diào)控植物染色體高級結構
?北京大學現(xiàn)代農(nóng)學院博士后楊婷婷，北京大學前沿交叉學科研究院博士生王鼎岳、田廣梅及北京大學現(xiàn)代農(nóng)學院博士后孫林華為本文并列第一作者，北大-清華生命科學聯(lián)合中心、北京大學現(xiàn)代農(nóng)學院周岳研究員為論文通訊作者。中國科學院遺傳與發(fā)育生物學研究所也參與了該研究。該研究得到國家自然科學基金、蛋白質(zhì)與植物基因研究國家重點實驗室、北京大學現(xiàn)代農(nóng)學院、北大-清華生命科學聯(lián)合中心的資助。?
本課題組常年招收博士研究生，歡迎對植物表觀研究領域感興趣的同學報名CLS生命中心和PTN項目，或者北京大學現(xiàn)代農(nóng)學院。
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