吳云東課題組在環(huán)狀多肽的結(jié)構(gòu)預(yù)測上取得重要進(jìn)展
時(shí)間：2021-04-08 11:59:04學(xué)院：化學(xué)生物與生物技術(shù)學(xué)院學(xué)校：北京大學(xué)
? ? ? ?北京大學(xué)深圳研究生院吳云東院士課題組最近在 J. Phys. Chem. Lett.（物理化學(xué)通訊）上發(fā)表了最新成果：使用殘基特異性力場進(jìn)行環(huán)狀多肽的準(zhǔn)確結(jié)構(gòu)預(yù)測及構(gòu)象分析。J. Phys.?Chem. Lett. 是物理化學(xué)領(lǐng)域影響因子最高的雜志，Nature Index收錄的68個(gè)高影響力雜志之一，影響因子為7.46。
? ? ? ?多肽類藥物介于小分子和蛋白質(zhì)之間，同時(shí)具有兩者的一些優(yōu)勢，近年來越來越受廣泛關(guān)注。與線性肽相比，環(huán)狀多肽有構(gòu)象相對剛性、 代謝穩(wěn)定性好、易穿過生物膜等獨(dú)特的優(yōu)勢。并且，很多天然活性物質(zhì)都是環(huán)狀多肽。環(huán)狀多肽的活性依賴于其三維結(jié)構(gòu)，如果能通過序列準(zhǔn)確地（接近實(shí)驗(yàn)精度）預(yù)測其結(jié)構(gòu)，可以大大地幫助人們在此鄰域的研究。
? ? ? ?該工作使用吳云東課題組發(fā)展的RSFF2力場，可以準(zhǔn)確地預(yù)測出20個(gè)環(huán)肽中的17個(gè)，與晶體結(jié)構(gòu)的均方偏差（RMSD）小于1.1?。新方法的準(zhǔn)確度明顯高于之前的方法。另外，還發(fā)現(xiàn)相對于線性多肽，環(huán)狀多肽的構(gòu)象取樣與球蛋白更相似，為環(huán)狀多肽在藥物設(shè)計(jì)中作為蛋白分子的替代物提供了理論上的支持。
? ? ? ?該工作第一作者為化學(xué)生物學(xué)與生物技術(shù)學(xué)院博士研究生耿浩，蔣帆博士為共同通訊作者。（Geng, H.; Jiang, F.; Wu, Y.-D. Accurate Structure Prediction and Conformational Analysis of Cyclic Peptides with Residue-Specific Force Fields. J. Phys. Chem. Lett. 2016, 7, 1805–1810 DOI: 10.1021/acs.jpclett.6b00452）。
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文章鏈接
pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jpclett.6b00452
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? ? ? ?多肽類藥物介于小分子和蛋白質(zhì)之間，同時(shí)具有兩者的一些優(yōu)勢，近年來越來越受廣泛關(guān)注。與線性肽相比，環(huán)狀多肽有構(gòu)象相對剛性、 代謝穩(wěn)定性好、易穿過生物膜等獨(dú)特的優(yōu)勢。并且，很多天然活性物質(zhì)都是環(huán)狀多肽。環(huán)狀多肽的活性依賴于其三維結(jié)構(gòu)，如果能通過序列準(zhǔn)確地（接近實(shí)驗(yàn)精度）預(yù)測其結(jié)構(gòu)，可以大大地幫助人們在此鄰域的研究。
? ? ? ?該工作使用吳云東課題組發(fā)展的RSFF2力場，可以準(zhǔn)確地預(yù)測出20個(gè)環(huán)肽中的17個(gè)，與晶體結(jié)構(gòu)的均方偏差（RMSD）小于1.1?。新方法的準(zhǔn)確度明顯高于之前的方法。另外，還發(fā)現(xiàn)相對于線性多肽，環(huán)狀多肽的構(gòu)象取樣與球蛋白更相似，為環(huán)狀多肽在藥物設(shè)計(jì)中作為蛋白分子的替代物提供了理論上的支持。
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pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jpclett.6b00452
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