多肽的純度是通過利用HPLC測(cè)定目標(biāo)肽中肽鍵的紫外吸收進(jìn)行測(cè)定，水和殘留的鹽類并不能通過UV檢測(cè)器進(jìn)行測(cè)定。其主要雜質(zhì)包括：殘缺序列肽（比目的肽少一個(gè)或更多氨基酸殘基的短肽）、截序列（因防止殘缺序列肽的產(chǎn)生封端產(chǎn)生的多肽）、不完全的脫保護(hù)肽（合成或者最終切割過程中產(chǎn)生的多肽）。
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