韋朝春教授研究團隊成功開發(fā)水稻泛基因組瀏覽器
12月10日，Nucleic Acids Research在線發(fā)表了上海交通大學(xué)生命科學(xué)技術(shù)學(xué)院生物信息學(xué)與生物統(tǒng)計系韋朝春教授研究團隊的文章“RPAN: rice pan-genome browser for ~3000 rice genomes”（doi: 10.1093/nar/gkw958），碩士生孫晨、博士生胡智強和本科生呂廣振為并列第一作者。
RPAN(訪問地址http://cgm.sjtu.edu.cn/3kricedb/)以3000株水稻基因組計劃（3000 Rice Genomes Project）產(chǎn)生的泛基因組（pan-genome）分析結(jié)果為基礎(chǔ)，構(gòu)建了水稻泛基因組數(shù)據(jù)庫和可視化頁面。通過水稻泛基因組分析，得到了大約260M新序列和超過12000個新基因。RPAN提供了水稻泛基因組序列、基因注釋、表達譜、基因有無、基因功能、品種間演化關(guān)系等重要信息，并支持多種便捷的搜索和直觀的可視化功能。RPAN把水稻的個體、基因和序列都放在一個泛基因組背景下來研究，為水稻科學(xué)研究提供了重要的數(shù)據(jù)資源寶庫和研究支撐工具，對水稻科學(xué)和水稻精準(zhǔn)育種具有重要的理論和實踐指導(dǎo)意義。
該成果與中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院合作，由上海交通大學(xué)高性能計算中心提供計算支持。生命科學(xué)技術(shù)學(xué)院張大兵教授和石建新副研究員也參與了本項目的研究指導(dǎo)。
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