鄧子新團(tuán)隊(duì)在微生物信息學(xué)研究方面取得系統(tǒng)性進(jìn)展
?????? 近日，國際知名微生物學(xué)刊物《環(huán)境微生物》(Environmental Microbiology) 在線發(fā)表了上海交通大學(xué)微生物代謝國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室鄧子新團(tuán)隊(duì)的最新研究論文 SecReT6: a web-based resource for type VI secretion systems found in bacteria (http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/1462-2920.12794/abstract)。這是繼該團(tuán)隊(duì)在2013年發(fā)表細(xì)菌IV型分泌系統(tǒng)數(shù)據(jù)庫后 (Bi, et al. Nucleic Acids Research, 2013, 41, D660-D665)，在微生物信息學(xué)研究領(lǐng)域取得的又一新系統(tǒng)性進(jìn)展。該研究論文的第一作者為我院2011級(jí)博士生李駿，指導(dǎo)教師為該團(tuán)隊(duì)的歐竑宇教授。
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?????? 六型分泌系統(tǒng) (type VI secretion system, T6SS)是一種在革蘭氏陰性細(xì)菌中廣泛存在的多功能、多組分的跨膜通道結(jié)構(gòu)。T6SS能夠介導(dǎo)效應(yīng)蛋白的精確轉(zhuǎn)運(yùn)，在病原菌致病和細(xì)菌間拮抗等重要生物過程中扮演著關(guān)鍵角色。本研究成果通過文獻(xiàn)深度挖掘和生物信息學(xué)精確預(yù)測，在近五百個(gè)已測序細(xì)菌基因組中識(shí)別出九百多個(gè)T6SS，建立了開放的分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫SecReT6 (http://db-mml.sjtu.edu.cn/SecReT6/)。SecReT6還提供了T6SS核心組件基因簇的預(yù)測和比較等在線工具，有助于微生物學(xué)實(shí)驗(yàn)人員發(fā)現(xiàn)新的T6SS效應(yīng)蛋白及免疫蛋白。本研究是微生物代謝國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室在分子微生物學(xué)和生物信息學(xué)等多學(xué)科交叉所取得的系統(tǒng)性研究進(jìn)展之一，有助于實(shí)現(xiàn)微生物功能組學(xué)大數(shù)據(jù)的深度挖掘。
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